Возьмет ли налоговая ввозной НДС к зачету, если ООО на общей системе налогообложения, при платеже через агентов ?

Вы же платите ввозной НДС на таможне, все как обычно.

НДС к вычету не зависит от того, как Вы платите. НДС к вычету берется по грузовой таможенной декларации. Если ввозите через агента (именно ввозите, не платите), то НДС так же берется по агентской схеме. Главное, чтобы агент этот номер грузовой таможенной декларации в книге покупок у себя не поставил. А то в АСК НДС-2 будет разрыв.

Это предполагается. Вы позвоните в банк и попросите проконсультировать по вопросу.