Подскажите, пожалуйста. Если неверно указан был swift-код при отправлении сотрудником банка. Платёж прошёл. Что в этом случае делать?

А что значит неверно? Если сотрудник не добавил последние цифры, по которым бранч идентифицируется, то уйдут в головной, а тот по номеру счёта отправит куда надо, чуть дольше просто будет. Или речь, что совсем другой банк?